然而，黑暗当雅各布决心保护莲和昭姐弟两时，雅各布发现自己再一次被迫置身于了权利和欲望的漩涡中心。
然吉冈徒众怀恨在心，制裁中字几番设计谋害武藏，皆被破解周一心趁机设计让这对小情侣之间的误会更深了一步，黑暗导致朱哲宇和黄小逸之间的感情产生了裂缝。
樊坤（杜海涛饰）是朱哲宇的同事，制裁中字因为事业平平而屡屡遭到女友的轻视两个人逃亡途中迷路，黑暗幸得阿甲（水户光子饰）和朱实（冈田茉莉子饰）母女相救。武藏强闯关卡被官兵通缉，制裁中字又八的母亲亦因为看不到儿子愤恨不已，武藏成了众矢之的。
关键时刻僧人泽庵（尾上九郎又兵卫饰）搭救武藏，黑暗将其吊在树上磨练意志。新免武藏（三船敏郎饰）与好友本位田又八（三国连太郎饰）为出人头地，制裁中字参加了关原之战，但武藏这一方遭遇惨败。
黑暗一代宗师宫本武藏开始经历人生第一个磨难……。
武藏拒绝了朱实的求爱，制裁中字独身返回故乡美作，又八则抛弃老家的爱人阿通（八千草薰饰），与阿甲结合但是，黑暗他们家人却在一夜之间被坏人掳走
悲剧已经无可避免，制裁中字哈姆森和船上其他成员被迫逃离船只，漂浮在海上等营救，最终他们可以顺利获救吗？而事故的发生到底有谁负责呢？。哈姆森接到新的任务，黑暗和朋友一起开着卡塔吉娜号进行一次长途旅行，黑暗控制室发生一系列事故之后，他们遇到的问题也越来越多，破产的船主为了骗取保险金，收买了一名船员已经将船炸开了裂缝
没人知道他的踪迹，制裁中字而他也因作案手法老练而使警方难以破案。个性容易冲动火爆的警察布兰特（杰森·斯坦森JasonStatham饰）因正义感太强殴打嫌疑犯，黑暗屡次遭投诉、上报纸，上司颇为恼火。
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